系统性红斑狼疮（SLE）是一种免疫复合物沉积的疾病；补体在SLE的发病机制中起着至关重要的作用。血液中的补体水平和组织学补体沉积被用于SLE的管理以及SLE的诊断、疾病活动度的评估以及治疗反应和预后的预测。
补体C3和C4是在血清中测量的，但也可以使用尿液、
补体在SLE中的作用补体活化的级联反应胸膜液和脊髓液等样品。在系统性红斑狼疮中，低补体血症、C3和C4水平下降或两者都下降是一种免疫异常。
CH50测量血清样品对致敏绵羊红细胞的溶血活性。它以其通过经典途径形成膜攻击复合物的能力为索引，并反映免疫复合物的形成。它有助于补体筛选测试，因为它同时测量从C1到C9的所有补体活动。可以理解为总的补体水平，也常一起检查。
C1q对于激活经典通路至关重要，C1q水平的降低，与C3和C4水平一样，表明SLE疾病活动度高。
SLE疾病活动性的评估基于器官受累的类型和严重程度以及免疫异常的组合。补体连同抗dsDNA抗体滴度在常规临床实践中用作SLE免疫异常的生物标志物，而低补体血症反映了SLE的活动。系统性红斑狼疮疾病活动指数(SLEDAI)经常用于评估整体SLE活动，包括低补体的存在，即定性评估中CH50、C3或C4的减少。
我们自己的一项研究，在SLE患者中，比较单独低C4水平与低C3和C4水平的患者，浆膜炎和血液系统疾病的频率较低，而在单独低C4水平的病例中，肾脏和血液系统疾病的严重程度较轻。
补体的测量也有助于适当排除其他疾病，以确认器官受累是否由SLE引起。在一项对48名没有尿液分析异常和肾功能损害的系统性红斑狼疮患者进行肾活检的报告中，36名患者患有狼疮性肾炎（I级或II级，72%；III级或IV级，17%；V型，11%）和低补体血症（低滴度的CH50和C3）和高滴度的抗Sm抗体被确定为无症状狼疮性肾炎的预测因素
在血清以外的样本中测得的补体可用于区分其他疾病。脑脊液中C3水平升高有助于诊断神经精神系统性红斑狼疮和胸腔积液中C3和C4水平降低有助于区分狼疮性胸膜炎与其他病因的胸腔积液。
年更新的EULARSLE管理建议将持续的血清学活动（低补体和/或高抗dsDNA抗体），发病年龄较小、未使用抗疟药和持续的全身性疾病活动定义为SLE的危险因素。
目前的争议在于补体水平与SLE活动并不完全相关，因为经常观察到活动期的正常补体水平和缓解期持续的低补体血症。所以补体虽然重要，但是SLE活动与否要全盘评估。