母体的全身性疾病常是流产的原因之一，如重度贫血、营养不良、严重的急性传染病、败血症、各种高热、子宫肌瘤、恶性肿瘤、急性传染性肝炎、慢性肾炎、溶血性疾病、食物中*、过敏等，都可增加流产的危险性。
下面介绍几种常见的导致流产的内科疾病。
1.糖尿病
糖尿病是一种与遗传有关的代谢缺陷性疾病，当合并妊娠后，主要由于胰腺分泌胰岛素不足，而致体内糖类代谢紊乱，病情不易控制，畸胎发生率高，可致流产、早产、死胎等，在应用胰岛素后围生儿死亡率有所下降。
糖尿病可引起畸胎，曾统计胎儿先天性畸形率为正常妊娠时3倍，这可能与怀孕时高血糖有关，高血糖可影响细胞增殖，干扰胚胎发育。
如酮症酸中*可影响胎儿的内在环境而引起畸形。早孕中控制血糖水平在5.6毫摩/升以下，先天性畸形率明显下降，可减少流产。
糖尿病严重者可引起死胎，胎盘由于血糖供应充分明显增殖，绒毛数量增多，使绒毛间隙相应缩小，母子间血液循环屏障加宽，蜕膜中动脉管壁增生，管腔狭小，不利于胎儿氧的输送。
胎儿缺氧可致死胎、流产。糖尿病也可引起巨大儿，因孕妇血中葡萄糖可通过胎盘进入胎儿体内，刺激胎儿胰腺B细胞增生，分泌胰岛素促进糖原、脂肪和蛋白质合成，使胎儿体重增长，从而形成巨大儿。
糖尿病需用胰岛素治疗，而胰岛素有拈抗糖皮质激素、促肺成熟的作用，在高胰岛素的影响下，胎儿肺部所产生的表面活性物质量少、质差，导致新生儿呼吸窘迫综合征。
2.甲状腺功能亢进
妊娠后在促甲状腺素和胎盘分泌的绒毛膜促甲状腺素和绒毛膜促性腺素的共同作用下，使甲状腺组织增生、肥大，血供丰富，甲状腺素合成增多，在*体及胎盘分泌大量雌激素的影响下，肝脏合成甲状腺球蛋白增加，孕期三碘甲状腺原氨酸、四碘甲状腺原氨酸增加，蛋白结合碘及基础代谢率增加，故代谢亢进。
但真正妊娠合并甲状腺功能亢进并不多见，因为甲状腺功能亢进是一种内分泌疾病，它对性腺功能有影响，多数病例在孕前发病，经治疗后受孕，孕期发病者较少。
甲状腺功能亢进时孕妇体内甲状腺素过多，代谢亢进，能量消耗增多，导致流产、早产、死胎率增加，这些并发症的发病率与甲状腺功能亢进的程度及是否得到控制有关。
3.甲状腺功能减退
甲状腺功能减退合并妊娠较少见，如在青春期前即患甲状腺功能减退，常致性腺及性器官发育障碍而致闭经及不育。在生育年龄发病且病情较轻，经治疗后则可能妊娠。
甲状腺功能减退孕妇如严重缺碘，可影响胎儿的神经系统发育。妊娠合并甲状腺功能减退，流产、死胎和胎儿畸形发生率较高，分娩时由于子宫收缩乏力可致难产、滞产及产后流血。
4.慢性肾炎
慢性肾炎的妇女，如只有轻度蛋白尿而无高血压者，流产的危险较小。
如妊娠前已有蛋白尿和高血压(超过20.0/13.3千帕，即/毫米汞柱)者，尤其妊娠前已有氮质血症(尿素氮大于10.71毫摩/升)或肌酐大于.2微摩/升，流产和死胎的发生率很高，对孕妇的危害亦很大。
如果已经妊娠，将加重孕妇的肾脏负担，而且易合并妊娠高血压综合征，故应及时终止妊娠。
5.贫血
轻度贫血对妊娠及分娩影响不大，但重度贫血对孕妇及胎儿的影响很大，红细胞数在1.5×/升以下，血红蛋白在50克/升以下时，孕妇心肌缺氧，可导致贫血性心脏病，易发生妊娠高血压综合征或妊高征性心脏病。
由于氧的储备不足，胎盘供应绐胎儿的氧和养料不足。贫血降低了产妇机体抵抗力，易并发感染。这些均可致胎儿发育迟缓、早产或死胎流产。